熒光定量PCR儀可標記有熒光素的探針與模板DNA混合后，完成高溫變性，低溫復性，適溫延伸的熱循環，并遵守聚合酶鏈反應規律，與模板DNA互補配對的探針被切斷，熒光素游離于反應體系中，在特定光激發下發出熒光，隨著循環次數的增加，被擴增的目的基因片段呈指數規律增長，通過實時檢測與之對應的隨擴增而變化熒光信號強度，求得CT值，同時利用數個已知模板濃度的標準品作對照，即可得出待測標本目的基因的拷貝數。
　　熒光定量PCR儀在臨床疾病診斷上有著重要的意義，一起來看看：
　　1.熒光定量PCR儀在結核菌檢測中的應用及意義
　　結核菌基因診斷的意義主要表現在：區分TB與其它分枝桿菌；檢測TB耐藥基因；提高TB的陽性檢出率。
　　2.熒光定量PCR儀在HBV檢測中的應用及意義
　　了解乙肝病毒在體內存在的數量；是否復制；是否傳染，傳染性有多強；是否有必要服藥；肝功能異常改變是否由病毒引起；判斷病人是適合用哪類抗病毒藥物；判斷藥物治療的療效。
　　3.熒光定量PCR儀在CT檢測中的應用
　　CT是非淋菌性尿道炎的主要病原微生物之一，有時還可引起不育等其它疾病。CT為專性細胞寄生性，一般培養不能生長，只有在活細胞內才能增殖復制，實驗室通過細胞培養觀察包涵體。但因操作復雜，技術要求高，需時間長，并不適于臨床檢測。免疫學方法有直接免疫熒光法、EIA法等，但這兩種方法無論是檢測抗原還是抗體陽性率均不足50%，用單抗會丟失位點、多抗有交叉反應，在高危人群篩查中常與金黃色葡萄球菌、鏈球菌、淋球菌等發生交叉反應使其特異性受到影響，因此，國內外專家一致認為CT的基因診斷方法應定為“金標準”。